llegado el caso lo que puedes hacer es un backup de la ext-sd si usas A2SD y volver a hacer una instalacion limpia, luego restauras la ext-sd y por lo menos volveras a tener tus aplicaciones sin tener que volverlas a instalar.
A mi alguna vez me ha pasado que tarde un tiempo en iniciar y se queda en la animacion esta, pero he dejado el telefono ahi quieto a ver que pasaba y al final me ha arrancado