Al venir de otra rom hay que elegir full wipe en el menú de instalación. Hay que hacer un 'clean install'. Si no se hace un full wipe estás haciendo un 'dirty flash', no pierdes nada, las apps, configuraciones, etc. Pero al hacer dirty flash viniendo de una rom diferente es muy posible que salga algún problemilla por alguna parte.
Te aconsejo empezar de cero, o sea, hacer full wipes.