Supongo que te refieres al Market nuevo no, al 3.x.x?
A mi tambien me pasa. Antes, cada vez que ponía una ROM nueva el Market antiguo me reinstalaba todas las aplicaciones que tenía descargadas... Ahora solo me salen las que traiga la ROM (GMail, YouTube, Facebook, etc). Luego cuando le meto el Titanium ya me salen, menos algunas que a veces se quedan colgando sin razón alguna en un apartado que pone "No instaladas" o algo así...