A mi me pasaba eso con el coderom v2x-2b porque lo mal calibré. No alcancé a solucionarlo ya que me pasé a GingerReal, pero podrías hacer esto.
Sea cual sea la carga que tengas, ir a recovery y hacer un wipe de la batería. Luego poner a cargar el telefono (encendido) y esperar a que llegue al 100%. Sin desconectarlo nuevamente vas a hacerle un wipe de batería, lo enciendes, y cuando ya esté en el escritorio lo desconectas y esperas a que llegue al 0%. En ese intervalo debería (talvez) tener una indicación de carga más claro.
Mi gingerReal así lo acabo de calibrar y funciona de maravillas... (bueno en realidad aún no llega a 0, pero el indicado no ha hecho ningún salto extraño)