A ver,
1º Al instalar una ROM "Cocinada" (las que tu mencionas) no pierdes el root, a parte de que estas roms son mejores o traen mejoras notables, lo que te hacen es no perder el ROOT, si no eres ROOT no podrias tenerlas instaladas.
2º Instalar una ROM "NO OFICIAL" como son estas que tu nombras o cualquiera "cocinada" no te garantizan al 100% su funcionamiento, pero si k funcionan perfectamente, yo de siempre he utilizado Cyanogen y luego MIUI y nunca he tenido problemas... si te da problemas , vuelves a instalar y listo. Pero vamos que te ofrecen mucho mas que una ROM OFICIAL y al 99% de que te vayan perfectamente.
3º Todo eso que comentas se tiene que hacer antes de instalar cualquier ROM, para que sea una instalacion limpia. Seria como un Formateo en el PC, para luego instalar un Windows...
4º Flashear es igual que decir Instalar... para que lo entiendas.
