Cuando haces los backups antes de flashear, tienes el vold.fstab cambiado?
Si lo tienes cambiado, después de flashear lo tendrás que cambiar otra vez.
Si no lo tienes cambiado, quiere decir que los backups se te guardan en la SD interna. Por lo tanto, claro que se borran...
El orden para ese caso sería:
1- Conectas el terminal al PC y copias la carpeta de TitaniumBackup localizada en la SD interna, al PC.
2- Flasheas
3- Vuelves a conectar el PC al terminal y metes la carpeta copiada otra vez a la SD interna
