Cuando haces una copia nueva sobreescribe la anterior en todo a menos que tengas un número de copias configurado en el titanium backup superior a uno y te guarde más copias (si es eso a lo que te refieres).
Yo cuando cambio de ROM solo restauro los datos y aplicaciones que no tengan que ver con el Android (juegos, multimedia,...) y luego restauro los datos de alguna aplicación como los contactos, los emails, los sms y poco más. Cuando le he dado a restaurar todo a saco me ha dado problemas con la conexión bluetooth, el samsung dive, y poco más.