Creo que la aplicación (yo uso la ROM KF3 española) tiene un bug y no muestra carpetas con más de X números de mensaje (no se cuantos, pero me pasa cuando la carpeta a mostrar tiene muchos, directamente no muestra ninguno).
Puede ser eso, o que tengáis la configuración mal y como os han dicho mas arriba tengáis configurado para sincronizar los últimos X dias.