Pues sencillamente porque el movil se conecta como almacenamiento masivo y la SD interna y la SD externa no son accesibles desde el terminal por lo tanto cuando te llaman suena una predefinida del sistema. Nada más y nada menos que eso. Algunas apps también puedej dejarte de funcionar si las tienes en la SD por ejemplo.
Date cuenta que si estás sobreescribiendo cosas desde el PC o simplemente esta como almacenamiento masivo el telefono no puede acceder a esa información, es como si formara parte del ordenador en ese momento, es más creo que si intentas reproducir algo te sale un mensaje que pone: No hay tarjeta SD montada o algo asi