Antes de nada tendrías que leer tutoriales porque está todo respondido por ahí.
Ser Root y S-Off implica que a la Rom que tienes de serie se le añade la App superusuario, se te cambia el Recovery para poder cambiar de Rom (es la gracia, si sigues con la de serie te acabará dando problemas porque no está preparada para tener acceso Root (Superusuario)). Todo el proceso es reversible, se puede restaurar el Recovery, Rom, etc. a como era de serie si eres S-Off, desde el Bootloader se le mete un zip que contiene todo lo oficial.
Saludos!