Flasheando el archivo tal cual lo has colgado me ha tardado aproximadamente minuto y medio.
El log no muestra nada extraño y el .zip de restauración se crea bien. Ahora si, he perdido al flashear SystemUI, Phone, Contacts y todos los widgets de sistema (sin posibilidad de poder ponerlos porque se pierde el menú de selección de widgets).

Por lo demás, OK
Como lo mio es mas Windows que Linux a lo mejor pregunto una burrada, pero ¿el comando zip de linux permite directamente insertar archivos dentro de otro archivo comparando previamente la coincidencia de nombres tal y como lo hace el comando 'robocopy' de windows?:
robocopy desde_aqui hasta_aqui /E /MIR
Además se deben corromper los datos de estas apps, porque después de aplicar el tema he reinstalado la rom que he actualizado hoy sin wipe total (solo dalvik y caché) y seguía sin aparecer lo que se ha fastidiado.