Si te refieres a la opción que pone BOOTLOADER en el Odin 1.85 es para el fichero PBL.BIN, exactamente igual que si fuese en la sección PDA, y solo se flasheará si marcas la opción Phone Bootloader Update. Igual que en los anteriores Odin solo que aquí viene en una sección diferenciada, supongo que para que sea más difícil cagarla.
El PBL puedes cambiarlo mediante USB en modo Download perfectamente, no necesitas un JTAG, eso si, si algo falla justo en ese instante chao móvil, ni secador, ni JIG, directamente al SAT a que te lo reparen con un JTAG.