Modificando el modelo asociado al Adapter y volviendo a llamar al notifyDataSetChanged, estableciendo el valor que indica si debe estar activado o desactivado al iniciar la reproducción y al pararla.
Los elementos en una View de listado (ListView, RecyclerView, etc) no pueden ser modificados tal cual (como poder se puede, pero no se debe), ya que al hacer scroll realmente es el mismo CheckBox que está unos pocos elementos delante o atrás. Es decir, si tienes 20 elementos realmente no tienes 20 CheckBox, tendrás los que entren en la pantalla.
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