Creo que has entendido mal el proceso. El proceso a seguir seria el siguiente:
1) Instalar Magisk Manager
2) Copiar el boot.img del firmware que tengas instalado en la memoria del telefono
3) Parchear el boot.img usando la app
4) Copiar la version parcheada a un ordenador
5) Desbloquear el dispositivo si no lo esta aún
6) Flashear el boot.img usando fastboot
7) Reiniciar el dispositivo
Usando este metodo deberia funcionar aunque no lo he probado. Las OTAs deberian funcionar, pero eliminaran el root y deberas repetir todos los pasos del 2 al 7.
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