Suponiendo que ya eres root puedes acceder al recovery con Rebooter por ejemplo, y si no quieres hacer format data y flashear haz lo siguiente:
- Copia el zip que quieras flashear a una micro sd
- Reinica en recovery, selecciona slide to allow para saltar el encriptado
- Toca en mount, monta la sd externa y selecciona la micro sd en storage
- Vuelve atrás y flashea el zip y listo
Eso es lo que yo hacía, espero haberte servido de ayuda