No es que la batería sea de 4.100 mAh y sean utilizables 4.000 mAh, el primer valor marca la capacidad típica de la batería y el segundo la capacidad mínima. A todos los efectos la batería es de 4.100 mAh, lo que sucede es que puede haber leves variaciones y el fabricante se cura en salud ofreciéndote el dato de la capacidad mínima que es de 4.000 mAh.
Yo tengo un amperímetro, lo que sucede es que nunca apuro tanto la batería, pero alguna vez lo usé y los valores que me daba eran bastante lógicos. En tu lugar no me comería demasiado la cabeza, al fin y al cabo es una diferencia de solo un 10%, quizás sea un error de medición de tu amperímetro.
Saludos