Hola de nuevo compañero! Es un placer
1.- La diferencia, es que como mencioné antes, las CUSTOM han sido previamente modificadas por desarrolladores y estos a su vez han personalizado la ROM a su gusto para darle un toque diferente o que sé yo

OJO que no todas las CUSTOM lucen diferente, hay algunas ROM como las del LG que son deodexadas (más rápidas) y de la misma manera lucen igual que una ROM oficial.
2.- Pues, yo he flasheado mis smartphones y a ni uno de los 3 le ha pasado un fallo; los he cambiado de Android 4.0 a 5.1 o 4.4 y vuelto a flashear casi 100 veces y no le ha pasado nada. Creo que no podría pasar nada, pero siempre asegura seguir los pasos del flasheo bien, ya que de no hacerlo podrías quedarte con un bonito pisapapeles.
3.- Según sé, si ingresas al recovery y seleccionas format system, este si borra absolutamente todo dejándote sin SO. Obvio este paso (format system) se hace cada vez que vayas a instalar una CUSTOM desde 0. Si aplicas ese formato y luego procedes a instalar la CUSTOM, nada puede pasar

Ahora respecto a lo de Wipe y Format, claramente son 2 conceptos diferentes, el wipe es un borrado de cierta memoria de almacenamiento (Interna, Caché, dalvik, etc) sin tocar el sistema operativo, y el formato, como tu lo comentaste es para también acceder a hacer un borrado y al mismo tiempo agregar un formato pero creo que en smartphones ya viene predefinido un formato. Insisto que para borrar el SO del smartphone se hace con la opción que te mencioné arriba. Y claro, también puedes borrar datos de la SD desde el recovery. Y para terminar con el punto 3, el Titanium lo utilizo en ocasiones para respaldar apks modificadas. Yo solo respaldo manualmente desde Root Explorer. Titanium te respalda aplicaciones y no me acuerdo que otros datos. El recovery que yo utilizo es el CWM así que no sabría decirte si TWRP tiene una función para backups.
4.- Simplemente descargargas la ROM oficial por aquí o por algún servidor externo y procedes a hacer el flasheo por RDS normalmente. No sé si funcioné pero creo que si tienes Root y el Rom Manager, este si te puede hacer un backup completo de la ROM. Si estás en JB todavía, investiga el método para respaldar la ROM si es que no quieres descargarla. Igual creo que aquí en HTCMania puedes encontrar métodos para flashear el Razr y otras cosillas.
En cuanto al backup, nada tiene que ver que hagas el respaldo con un recovery diferente. El formato de la ROM siempre va a ser el mismo no importa donde hagas el backup. Puedes hacer tranquilamente tu backup sin ningún problema desde TWRP y guardarla en tu PC en caso de que quieras hacer el downgrade.
Otra cosilla. Ni se te ocurra acceder a hacer cosas con Odin! Odin es para flashear teléfonos Samsung solamente y no de otras marcas. Instala siempre el SO oficial con las herramientas que son. Usa RDS!
5.- Así es, se instala normalmente.
En cuanto al downgrade de 4.4 a 4.0 no estaría seguro de si es posible hacerla sin fallos pero mejor que bajes de 4.4 a 4.1 y asi sucesivamente para evitar fallos. En mi experiencia con el Razr, solo he bajado de CM4.4 a la oficial 4.1 y no ha pasado nada pero te repito que no he tocado mi Razr en meses. Pero igual trata. En algunos smartphones si es algo complicado (tal es el caso del Moto G 1gen) pero no en todos. Prueba a flashear o a instalar tu custom y si tienes alguna duda aquí estoy con lo poco que he hecho para ayudarte.
Insito no soy un gran experto pero he tenido experiencia y puedo ayudarte con poco
Bendiciones!