Una vez que lo rooteas puedes usar titaniumbackup,pero para recuperarlas necesitarias ser root.
De todas maneras, si compras por el market, esas aplicaciones quedan asociadas a tu cuenta, y podrias descargartelas despues siempre que quieras, que alguien me corrija si me equivoco.
Eso si, aunque rootees tu dispositivo, no pierdes las aplicaciones de pago, ni las otras