Root (SuperUsuario) es el nombre de usuario del administrador del sistema en los sistemas Unix. Las versiones de android que ponen los fabricantes tienen el usuario root bloqueado para evitar que las aplicaciones puedan ejecutarse como administrador y tengan permiso de lectura/escritura en los archivos de sistema. Si instalas una ROM con root (esto es muy importante es la ROM la que tiene root no el movil) podras instalar aplicaciones que requieran permisos de administrador (como el wireless tethering por ejemplo).
Ventajas de ser root, muchisimas, tendras control total en el sistema.
Desventajas, ninguna, la gente piensa que se vulnera la seguridad, pero para eso hay que tener sentido comun y ya esta, fijarse en que permisos requieren las aplicaciones que instalamos y si ejecutamos algo que no sabemos que es ni que hace y nos pide permisos de root pues decidir si se los concedemos o no (siempre aparece una advertencia).