Has comprobado con un lector de NFC de la appstore? Yo no he pagado pero he intentado leer alguna tarjeta NFC y lo tiene muy localizado en la parte de arriba del móvil, si no coloco exactamente en la zona ni se cosca. Con el Nexus 4 era mas sensible o fácil.
Dale un ojo a ver, ya te digo sobre la parte trasera cerca de la zona de la cámara, almenos asi descartaras si es problema de hardware o algo relacionado con la app de pago.