Con la carpeta segura sí puedes duplicar app.
Puedes copiar el whatsapp a la carpeta segura, entras y lo abres. Te pedirá confirmación del nuevo número de teléfono para confirmar, etc...
Las notificaciones sí aparecen, pero "ocultas". Te aparece un símbolo de que tienes un mensaje en la carpeta segura. Nada mas.
Tienes que entrar en la carpeta segura para poder leer los mensajes.