Esto tenias que preguntarlo en la seccion roms o incluso en el hilo de la reflex, asi que te lo muevo.
Todas tus aplicaciones se guardan en la particion ext automaticamente por la rom, no tienes que pasar nada a la SD aunque la opcion este activa, si haces backup de la rom + ext , te hara copia de la rom y de la particion ext donde guardas las aplicaciones , y con el titanium te hara copia de tus aplicaciones de la particion ext para luego restaurar , lo que te puede quedar en la Sd son archivos de datos referentes a juegos o los mapas de navegador etc, pero la aplicacion, el ejecutable va a tu particion ext