Esto es la batalla de siempre. Y sinceramente, a día de hoy, y ante la experiencia que he tenido con la Magic, lo mismo da que se haga el S-OFF con el metodo del tutorial que por HTC. El hardware, como bien dice fumego, puede fallar y eso es totalmente independiente del software que hayamos podido poner. Lo que si veo mucho mas seguro es hacerlo mediante el tutorial ya que es reversible y por HTC no se sabe, si será reversible yo lo haría por HTC pero como no se sabe aún me fio mas de lo otro.
El terminal, por mi experiencia con HTC en la Magic, no va a estropearse por meter ROMS cocinadas. Otra cosa es flashear el hboot o la radio, eso ya es mas delicado y hay que tener cuidado, pero por lo demas no hay problemas. Es que vamos puedes hasta flashear mal una ROM que aunque el movil no arranque siempre podras tirar de nandroid desde el recovery o a las malas malas, esto me imagino que ira apareciendo, flashear desde fastboot el .nbh original que incluye hboot, radio, recovery y rom.