Peor que dices :S yo tengo root en la rom oficial, y me va perfectamente bien, uso titanium backup, puedo cambiar cosas (como el mod de la camara) y dar mas permisos a aplicaciones (como optimize tolbox) que necesitan root, etc etc, nose de donde te sacas eso es como lo del rom manager, parece que solo vale tu version por que si.
Asi que repito, el root si es compatible con la version oficial, ami no me ha dado ningun tipo de problemas, y ninguno es ninguno.
