Hola,
yo tambien tengo el mismo problema, y he llamado a Movistar (mi operadora). Por lo que me han explicado, el whatsapp interfiere con el sistema de mensajes de movistar y por eso los mensajes llegan repetidos (o no llegan). El problema se resuelve (por un tiempo, luego vuelve a empezar) despues de apagar y volver a encender el movil.
Me han dicho que estan trabajando con samsung para solucionarlo y que la unica soluccion que me podian dar era.. inactivarme los sms!!
yo tengo el android 2.2.1 de fabrica y mi SGS es libre.
saludos