Me autocontesto que he encontrado la solucion, por si a alguien le puede servir de ayuda. Para quitar los contactos del msn de la agenda, existe una opcion al meter la configuracion de la cuenta del msn, que es la de guardar los contactos en la libreta de contactos del telefono. Una vez que sea configurada la cuenta no se puede cambiar esa opcion que es lo que a mi me pasaba. Por tanto lo que hay que hacer si este es el caso es irse a Programas -> Windows Live -> Opciones de Cuenta -> Cambiar Windows Live ID y con esto se vuelve a configurar la cuenta de correo y asi podemos desactivar la dichosa opcion de los contactos en la agenda del movil Saludos.
