He encontrado este vídeo (en inglés) con el cual he solucionado el problema:
Al parecer para que la partición no dé error tendriamos que cambiar el sistema de archivo que esta utiliza. Para ello vamos a Wipe --> Advanced Wipe --> Seleccionamos la partición que da problemas y presionamos "Repair or Change File System". En tamaño (Size) de la partición deberia indicar un número diferente de 0, sino es que está fallando. Si nos falla pulsamos "Change File System" y nos dará diferentes opciones de formatos. La idea seria ir probando hasta que nos haga una correcta lectura del tamaño de la partición y no de más problemas. En mi caso sirvió con cambiar todos los formatos que me daban problemas a "ext4". Es muy probable que perdamos datos y yo recomendaría que una vez solucionado el problema se haga un Wipe completo de todo.