Te está diciendo que no eres root.
Link2SD trabaja con FAT32 también.
Para convertir aplicaciones de sistema en aplicaciones usuario puees usar Titanium Backup Pro.
Si has creado una partición ext3(por ejemplo) para Link2SD, la primera vez que ejecutas link2sd te dirá que selecciones tipo de partición, elige ext3.
Te dirá que ha copiado unos scripts, y que debes reiniciar.
Reinicia, si vuelve a decirte lo mismo, es que algo ha ido mal.