Eso pasa cuando conectas el móvil al PC con acceso a la SD. Cuando desconectas te tienen que volver a cargar bien, a no ser que hagas algo raro como reiniciar el móvil con la SD desmontada o alguna cosa así.
A mi jugando con el recovery también me pasó, pero los volví a poner y cuando conecto y desconecto funcionan bien.
Salu2!