Segun indica el propio cocinero, hay que hacer wipe data/factory reset al instalar una nueva ROM, aunque yo he probado por experiencia propia que si es la misma rom, solo que una version superior, basta con instalarla, pero claro, pueden surgir fallos.
Los extras todos se flashean como una ROM, los descargar en .zip y desde el recovery flasheas.
Respecto a lo de borrar el zip anterior... como tu veas, yo lso guardo en el PC de recuerdo, pero en el movil solo dejo el zip de la rom que voy a instalar para no liarme.