Me he metido en esta web:
http://www.techmoviles.com/rootear-sony-xperia-m4-aqua-e-instalar-twrp-recovery/
y he cogido el Boot.img de a version E2303, y ha arrancado bien y comprobado que SuperSu está funcionando perfectamente asi que mil gracias por todo.
P.D. Que aplicaciones hay que quitar que sean murriaca, porque imagino que es quitarlas con Titanium Backup y moverlas a la SD con link2sd, no?
Un saludo,
JuamPe