Ya te digo que no estoy seguro de que sea necesario, pero si haces un wipe data/factory reset, se formatea todo, (caché, dalvik, boot, sdext, sdext2, etc.), y sin embargo System no, es la única partición que no se wipea, por eso yo lo hago siempre manualmente. Perjuicio no hay, lo único que pierdes 5 segundos más.
A ver si alguien más sabe algo...