Yo te recomendaría:
1º instalar xiaomi.eu_multi_MI5_6.11.10_v8-6.0 (poner en carpeta downloaded_rom e instalar por miui) --- La ultima versin de android 6.0 de .EU
2º dobles wipes cache y dalvik
3º Una vez encendido descargamos al movil el ultimo zip de xiaomi.eu y ultimo recovery (TWRP 3.1.0-0-gemini)
4º actualizamos el twrp desde el recovery y reiniciamos EN RECOVERY PARA ARRANCAR DESDE ESTE ACTUALIZADO
5º wipe cache y dalvik, instalamos zip de xiaomi.eu y wipe cache y dalvik
Para futuras actualizaciones a partir de este punto:
encendemos en recovery, wipe cache y dalvik, instalar zip y wipe cache y dalvik.
Imagino que lo más "limpia" seria instalandola con un OTG y haciendo wipe a todo, ¿no?