Yo tengo un problema similar.
Tengo un Note 3 Pro, con Miui 8.0 Global Estable (Android 5.1.1). Bootloder desbloqueado, TWRP y root.
Quería dar el salto a la última estable (Android 6.0) que acabo de descargar y quería hacer una instalación limpia.
¿ Cual sería el mejor método para hacerlo ? Es que he leído por ahí, que al cambiar de ROM a veces bloquean los bootloaders y ...
Vamos que estoy un poco perdido y no quiero meter la pata