Que no!!! que no hay que flashear el script de nuevo!!! lo que si es necesario es que la Rom esta rooteada para evitar problemas.
si no me creis, es muy facil: nandroid backup y haceis la prueba, flashear otra rom y mirad si tiene o no root.
Por que creeis, que se llama root permanente? el temporal ya lo teniamos antes.
De no ser así el recovery no funcionaría, necesita root, para funcionar.