En mi caso le he sacado buen partido al hecho de tener root. Por poner un ejemplo algo que echaba en falta era un LED de notificaciones porque me he acostumbrado un poco a mirar el teléfono y saber si he tenido algún mensaje sin tener que estar necesariamente cerca de él. Con esa excusa decidí meterme de lleno e instalarle AOSGP X y la verdad que no echo de menos la ROM stock.
Yo diría que de lo que mas depende es del tema de la garantía, ya que es lo único que echas a perder.