En este post
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=1254731 tuvimos un problema parecido pero se arreglo al actualizar con Flash Tool.
Supongo que con Falsh Tools se actualiza y te sale el check verde de que todo ha ido bien.

No estoy seguro pero prueba a marcar todas las casillas de Falsh Tool para ver si te carga un arranque nuevo.
Suerte