Si te soy sincero no entiendo muy bien la consulta... ¿A qué te refieres exactamente con ventanas emergentes? ?Que se te abre una ventana emergente de las aplicaciones, estando en cualquier aplicación? Desconozco que haya ninguna opción (salvo en aplicaciones en concreto) para activar esa función en el sistema...
¿Usas la ROM oficial?