No, todo se mantiene. Simplemente los "accesos directos" que tienes en el escritorio desaparecerán y tendrás que ponerlos de nuevo.
Si te gusta mucho como lo tienes actualmente y no quieres que nada se mueva lo mejor que es que tomes una captura de pantalla para saber como estaba todo.
Con nougat caben una fila mas de aplicaciones en el escritorio principal.
