Si tienes la JVP limpia y quieres meterle Themes y cosas así tendrás que meterle una cocinada (por ejemplo la Darky que has comentado), porque la mayoría de ese tipo de cosas solo funcionan en cocinadas (ROMs Deodexed).
Para meter ese tipo de cosas necesitarás meter el Kernel primero para tener el CWM, porque los Kernel de las ROMs nuevas son Recovery 3E, y para meterlo se hace por Odin en PDA o con Heimdall en zImage, una vez que tengas CWM también se puede cambiar el Kernel con el CWM.
Para meterle "pijadas" al móvil se hace desde CWM.