Pues es bastante extraño.. puedes probar a flashear de nuevo con la carga al 100% de la batería para que el nuevo archivo BatteryStats te tome los valores reales de la batería, si eres root puedes hacer wipe desde el recovery o descargar alguna app de PlayStore como BatteryCalibrator para eliminar el archivo batterystats y creartelo desde nuevo.
En principio no creo que haya que hacer nada más, de todas formas asegurate antes de nada que la carga de la batería se completa al 100% de verdad.
Saludos!