Las graba en la SD interna, se puede configurar para que lo haga en la externa, pero como dice Waso_81 por defecto es en la interna.
De todas formas la SD interna no se formatea al cambiar de ROM, tanto con Repartition como sin Repartition, así que tranquilo. Lo que tienes que hacer es las opciones del Titanium Backup es elegir el directorio donde están las copias de seguridad, por defecto en /sdcard/TitaniumBackup.