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Hola javieere, te voy a responder a tu duda.
Antes de hacer los wipes es recomendable y hasta obligatorio hacer nandroid backup porque si no se instala bien la rom que quieras flashear siempre volverías a la rom anterior. Ese backup se guarda en una carpeta de la sd llamada "clockworkmod", lo que quiere decir que no va a ser borrada por los wipes. Además los wipes se hacen sobre la dalvik cache, la sd cache partition y data factory/reset, en ningún caso toca otras carpetas, así que puedes estar tranquilo y hacer los wipes sin miedo a cargarte la copia de respaldo del nandroid.
En cuanto al backup del Titanium lo hará en su propia carpeta (Titaniumbackup) de la partición fat32, no creo que vayas a tener problema al restaurar las aplicaciones, la ext no afectará en nada.
Espero haberme explicado bien, un saludo.
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