Yo tengo un HTC y la sincronizacion me imagino que será igual.
Yo utilizo el Active Sync.
A la hora de efectuar la sincronizacion, te pregunta si quieres mantener los datos del PC y actualizar el Movil o al reves. Me imagino que habras dado prioridad al PC, de tal manera que te "sobrescribe" los datos eliminados del IPHONE, es como una copia de seguridad.
Creo que lo puedes modificar en Opciones o Herramientas, ahora no se muy bien, pero es asi.
Un saludo