Solo guarda las fotos,videos,notas,grabaciones,etc...
Las carpetas que tienes se vuelven a regenerar al abrir las aplicaciones con la nueva sd, a no ser que tengas mapas del gps descargados en la sd o datos de algun juego de estos muy pesados que descargan información en la tarjeta.
En esos casos deberias hacer un backup o tan simple como que cuando abras el programa con la otra sd te pedirá que los vuelvas a descargar y ya está.