Lo primero es que todavía el NFC está muy verde, mira los comentarios de cualquier aplicación monedero (Santander, BBVA, Sabadell....) queda mucho por hacer. Los TPV del Mercadona y corte ingles (los Ingénico sino recuerdo mal) son especialmente caprichosos.
Prueba a utilizar el móvil transversal al TPV, ten en cuenta que la antena está ubicada alrededor del sensor biométrico no enmedio del móvil y procura no moverlo, si lo dejas apoyado mejor aún.