El sistema operativo lo sabe, las apps no pueden porque el API no expone esa funcionalidad (volvemos al tema de la privacidad). El API en cuestión:
https://developer.android.com/refere...ntManager.html
El resultado de la operación de solicitar huella es independiente de la huella que hayas usado, así que no se puede saber ni deducir con cuál se hizo, de hecho ni siquiera puedes saber cuántas huellas registradas hay.