Solo una duda...
Tras actualizar a Marshmallow, ¿hicisteis un Reset de Fábrica?
Ya sé que no suelen decirlo en los manuales pero, al no ser una actualización de versión, sino una versión nueva, lo recomendable es hacerlo. Posteriormente con 3 o 4 encendidos y apagados completos, debería funcionar perfectamente.
Lo digo más que nada por si hay algún residuo de alguna App o Apk rara de Lollipop que le esté causando confusión y acabe dando problemas...