No teneis que quitar la sincronización de los contactos de Whatsapp, ni de cualquier otra App que useis (outlook, skype, telegram...)
Basta con que le digais al móvil que SOLO os muestre los contactos de Google
Ajustes > Aplicaciones del sistema > Contactos > Preferencias de visualizacion > Configurar listas de contactos
Y elegid únicamente Google. Si marcáis todos los contactos os aparecerán duplicados, triplicados, o a saber cómo.