Todo lo que esté almacenado en la SD no se pierde, las aplicaciones si las perderá, existen formas para evitar que se pierda, pero es un lío gordísimo y además hay que flashear con Heimdall en lugar de con Odin, y al final es otro lío extra al tener que configurar los drivers para Heimdall. Lo mejor es instalar Titanium Backup y hacer un Backup de todas las aplis con sus datos, y una vez instalada la nueva ROM volver a instalar el Titanium Backup y restaurar las aplis y los datos. Como los backups se guardan en la SD no se pierden.